Na území CHKO Moravský kras bylo vyhlášeno několik památných stromů, které jsou chráněné zákonem.
Novodvorská alej vede podél polní cesty od osady Nové Dvory ke zřícenině hradu Blansek, obsahuje 60 stromů – lip malolistých a velkolistých.
Stromořadí Lažánky-Jedovnice stojí u silnice Lažánky-Rudice-Jedovnice, najdeme zde necelé dvě stovky stromů (javorů, lip a jasanů).
Dvě Salmovy lípy stojí u hrobky rodu Salmů na hřbitovu ve Sloupu.
Skupinka Vilémovských lip obklopuje kapli ve Vilémovicích.
Babyka u Suchdolu roste na bývalých pastvinách nedaleko zelené turistické značky mezi Suchdolem a NPR Vývěry Punkvy. Dosahuje výšky 12 m a obvodu kmene přes tři metry.
Borovice u Pekla stojí na okraji strže Peklo v enklávě drobných louček a křovinatých porostů nedaleko hranice NPR Vývěry Punkvy. Jde o borovici lesní s odhadovaným stářím 150 let, výškou 14 m a obvodem kmene 271 cm.
Břek na Dřínově roste na okraji lesního průseku v lesním porostu západně od Babic, nedaleko PR Dřínová. Jeřáb břek má vysoký rovný kmen s obvodem 207 cm a výškou 20 m, stáří je odhadnuto na 150 let.
Dřín u Vilémovic stojí nedaleko silnice do Suchého žlebu mezi Vilémovickou a Macošskou strání. Jde o dřín obecný pozoruhodný svými rozměry a vzrůstem, sestává se z více než 100 kmenů, které jsou součástí společného polykormonu (vyrůstají z jednoho pařezu).
Dub v Zadních polích je s výškou 23 m a obvodem kmene 410 cm nejmohutnějším stromem v okolí Babic. Je ale ve velmi špatném zdravotním stavu. Ve kmeni je hnizdní dutina, část kmene je vyhnilá. Stáří se odhaduje na 300 let.
Habrůvecký smrk vyniká svými rozměry i zavětveností.
Hruška u Zouharova závrtu roste na okraji Vavřince ve volné krajině u polní cesty mezi loukami u Zouharova závrtu. Na výšku měří 13 m, obvod kmene dosahuje 280 cm, stáří je odhadnuto na 200 let.
Lípa u Hřebenáče stojí nedaleko vchodu do Sloupských jeskyní a skalního útvaru zvaného Hřebenáč, kde tvoří krajinou dominantu díky své výšce 22 m a obvodu kmene téměř 5 metrů. Stáří je odhadnuto na 250 let.
Modřín troják u Habrůvky je pozůstatek vytěženého modřínového porostu na hranici NPR Habrůvecká bučina, název dostal od svého habitu – mohutný kmen (obvod 455 cm) se ve dvou metrech dělí na tři kmeny. Výška asi 170 let starého stromu dosahu téměř padesáti metrů.
Smrk u jeskyně Výpustek je solitér, s větvemi až k zemi, po odumřelých větvích jsou na kmeni vystouplé suky. Asi 15 m pod vrcholem se kmen dělí na tři části. Obvod kmene 435 cm, výška 42 m, odhadované stáří 250 let.
Vavřinecká lípa roste v centru obce v blízkosti požární nádrže. Obvod kmene 307 cm, výška 18 m, odhadované stáří 200 let.
